一、门诊补偿程序：
参合农民持《荆州区新型农村合作医疗证》、身份证（或户口簿）在本镇内定点的村卫生室和镇卫生院门诊就诊，由村卫生室及镇卫生院对发生的相关费用按家庭账户余额进行核销，并同时填写门诊补偿情况登记表、台帐及《荆州区新型农村合作医疗证》，参合农民可直接获得补偿，并在登记表和台帐上签字认可。村卫生室每月25日后凭荆州区新型农村合作医疗专用处方和门诊补偿登记表到本镇卫生院合管科申请报销。
二、住院补偿程序
在各级（市、区、镇）定点医院住院的,实行出院即报制。即入院时到医院设立的合管科窗口凭合作医疗证、就诊病人身份证或户口簿进行登记，并向医院足额交付押金。出院时直接在合管科窗口办理出院手续，由医院合管科专职人员按合作医疗有关规定进行审核，计算出应予补偿金额，可现场直接获得补偿，只需缴纳个人应缴部分的医疗费用。

三、外出人员补偿程序
经同意转往本市非定点医疗机构或由定点医疗机构转至市外医院住院治疗的人员、外出打工及因患急病在市外医疗机构住院的人员，出院之日起30日内带齐相关资料（住院医疗机构的诊断证明书、出院小结、住院病历复印件、医疗费用清单、正规发票、《合作医疗证》、身份证、户口簿）到户口所在镇（管理区）合管办申请补偿。其住院费用按本地同等级别定点医疗机构住院补偿比例的50%执行。