区合管办主要职责：
（一）认真贯彻落实新型农村合作医疗的有关政策，负责全区新型农村合作医疗的组织协调工作；
（二）制定相关配套管理措施；
（三）协助筹集、管理新型农村合作医疗基金；
（四）制定年度新型农村合作医疗工作方案，编制基金的预算和决算方案；
（五）监督区内医疗费用的核销工作，负责对区外住院医疗费用按规定核销；
（六）制作新型农村合作医疗有关卡、证、表、册；
（七）为参合农民提供咨询服务；
（八）负责对镇（管理区）新型农村合作医疗管理人员进行培训和考核，对违反新型农村合作医疗规定的行为进行查处；
（九）建立健全新型农村合作医疗信息系统，及时收集、整理、分析、评价、上报新型农村合作医疗信息，做好新型农村合作医疗文书档案管理工作；
（十）负责新型农村合作医疗定点医疗机构的资格审查、确认，加强对定点医疗机构医疗服务质量和费用水平的审查和监管；
（十一）定期向区合管会报告工作，落实上级交办的其他任务。
镇（管理区）合管办主要职责：
（一）负责本镇（管理区）新型农村合作医疗的组织协调工作；
（二）协助筹集、管理新型农村合作医疗基金；
（三）建立健全新型农村合作医疗档案，填写、发放和管理合作医疗证；
（四）对住院病人入院条件、诊疗项目、用药目录、出院标准等进行审核；
（五）负责对本镇（管理区）内定点医疗机构医疗垫付门诊、住院医药费用的相关凭据进行初审；
（六）与农户签订新型农村合作医疗协议，建立健康档案，为农民提供新型农村合作医疗政策咨询服务；
（七）报告、公布本辖区新型农村合作医疗基金的收支、补偿情况；
（八）对村级管理人员进行培训和考核；
（九）落实上级交办的其他任务。
村新型农村合作医疗管理小组的主要职责：
（一）协助收取新型农村合作医疗基金；
（二）监督村卫生室的卫生服务和村民的就医行为；
（三）对本村农民医疗费用补偿情况进行公示；
（四）协助组织农民参加体检和建立健康档案。
区财政、卫生、农业、民政、发展改革、宣传、审计、监察、物价、农村信用联社等部门应当根据有关规定，认真履行职责做好新型农村合作医疗工作。